“环境生物学”学科以“环境科学”硕士授权点为支撑，依据不同分支学科的手段和领域，逐步形成了四个稳定的、具有优势和特色的研究方向：1、植物逆境生物学；2、环境遗传毒理学；3、环境动物生理生态学；4、环境微生物学。于1998年5月增补为省级重点学科；1998年8月，与北京大学合作共建云南省省级重点学科“环境生物学”的建设项目获得批准；2004年顺利通过云南省省院省校合作办公室组织的验收，并于2007年正式挂牌为“环境科学”省级重点学科。通过学科团队的努力，借助北京大学的人才、资源及信息优势，本学科在学科建设、队伍建设、实验平台建设、学位点建设与研究生培养及科学研究等方面取得显著进展，取得了具有特色和影响的理论及应用成果，建成了在相关研究领域具有国内先进水平的“环境生物学”教学、科研基地。建设期间，主持完成省部级以上科研项目50余项，科研经费累计达1500余万元。发表学术论文200余篇，其中SCI收录20余篇，国家级核心刊物120余篇，教改论文20余篇，出版著作教材11部，获省部级奖励9项。转让科研成果2项，直接经济效益690万元，为企业产生经济效益4000余万元。2007年以“环境生物学”为主申报获得了“生物能源持续开发利用教育部工程研究中心”，“环境生物学”学科整体水平明显上了一个台阶。